ฟุตบอลดิวิชั่น 2 ในฤดูกาล 2016 มีหลายทีมที่เจอปัญหาด้านการเงิน ทำให้ค้างค่าจ้างให้กับนักเตะและทีมงาน จนเป็นเหตุให้มีการฟ้องร้องเกิดขึ้น ซึ่งล่าสุด อินเตอร์ พัทยา ได้ถูกลงโทษจากสมาคมกีฬาฟุตบอลฯ เนื่องจากไม่จ่ายค่าจ้างให้กับนักเตะและทีมงานนาน 3 เดือน อีกทั้งนักเตะยังถูกเจ้าของหาพักไล่ออก
ล่าสุด “เสี่ยเหน่ง” ศุภสิน ลีลาฤทธิ์ อุปนายกสมาคมฯ ฝ่ายจัดการแข่งขัน กล่าวว่าปีนี้สมาคมฯ เพิ่งเข้ามาทำงานเป็นปีแรก จึงจำเป็นต้องแก้ไขปัญหาทีละเคสไป แต่ปีหน้าจะไม่มีปัญหาเรื่องการค้างค่าจ้างเกิดขึ้นแน่นอน เพราะจะกำหนดให้ทุกทีมมีแบงค์การันตีเหมือนทีมใน ไทยลีก และดิวิชั่น 1 โดยปีหน้าจะกำหนดให้ทีมในระดับดิวิชั่น 2 ทุกทีม มีเงินการันตีจากธนาคาร หรือที่เรียกว่า “แบงค์การันตี” เพื่อป้องกันปัญหาเรื่องการค้างค่าจ้างให้กับบุคลากรของทีม”
