หลังย้ายมาอยู่กับเบรเมนเมื่อตอนอายุ 20 เคลาดิโอ ปิซาร์โร่ก็สถาปนาตัวขึ้นมาเป็นดาวยิงระดับแถวหน้าของลีกเยอรมัน แล้วนั่นก็ทำให้เค้าได้มาร่วมงานกับเสือใต้ในปี 2001 พร้อมประเดิมสนามอย่างน่าประทับใจ
ฤดูกาล 2000/01 ปิซาร์โร่กดไป 19 ประตูขึ้นแท่นเป็นรองดาวซัลโวบุนเดสลีก้า(เป็นรองเซอร์เก บาบาร์เรซ 22 ประตู) แล้วการได้เห็นความร้อนแรงระดับนี้ทั้งๆที่เพิ่งจะลงเล่นในลีกเบียร์เพียงปีที่สองก็ทำให้บาเยิร์น มิวนิคตัดสินใจที่จะเดินหน้าทาบทามดาวยิงชาวเปรูเข้ามาช่วยล่าตาข่ายให้จงได้
ซัมเมอร์ 2001 บาเยิร์น มิวนิคคว้าตัวเคลาดิโอ ปิซาร์โร่มาร่วมทีมด้วยค่าตัว 7.5 ล้านยูโร ซึ่งเค้าถูกส่งประเดิมสนามอย่างเป็นทางการในวันที่ 4 สิงหาคม 2001 สำหรับการเปิดบ้านรับชาลเก้ 04 ซึ่งเค้าใช้เวลาเพียงสี่นาทีในการทำประตูแรกกับเสือใต้ซึ่งทีมชนะไปในท้ายที่สุด 3-0
แล้วในเมื่อเปิดตัวสวยอะไรๆหลังจากนั้นกับบาเยิร์น มิวนิคก็ง่ายไปหมด ปิซาร์โร่กด 19 ประตูรวมทุกถ้วยในปีแรก และยิงประตูรวมแตะเลขสองหลักต่อเนื่องถึง 6 ซีซั่นติดต่อกัน ก่อนจะย้ายออกไปในปี 2007 แล้วก็ได้มีโอกาสหวนกลับมารับใช้เสือใต้อีกครั้งในปี 2012 เป็นที่น่าเหลือเชื่อที่ปิซาร์โร่ในวัยโรยรา แต่เค้าก็ยังพังสกอร์ให้บาเยิร์นได้อย่างเป็นกอบเป็นกำ ปิซาร์โร่ยังคงยิงประตูแตะเลขสองหลักได้ถึง 2 ซีซั่นติดต่อกัน ก่อนจะโบกมือลาทีมอย่างเด็ดขาดในปี 2015 นับรวมแล้วหัวหอกเปรูลงเล่นให้บาเยิร์น มิวนิคไปทั้งสิ้น 327 นัดยิง 125 ประตูพร้อมกวาดถ้วยรางวัลไปได้รวมกัน 16 โทรฟี่
