เค้าคือนักเตะระดับตำนานของสโมสรรีล เบติส เมื่อฆัวกิน ซานเชสคือลูกหม้อจากทีมเยาวชนของเบสิสโดยตรง และใช้เวลาค่อนอาชีพนักเตะกับทีมนี้ โดยจุดเริ่มต้นระหว่างเค้าเริ่มต้นในปี 2000
ฆัวกิน ซานเชสคือปีกจอมพลิ้วชาวสเปน เค้าเติบโตมากับอะคาเดมี่ของรีล เบติส ด้วยฝีเท้าที่ฉกาจฉกรรจ์ทำให้ฆัวกินได้สัมผัสเกมระดับเยาวชนกับรีล เบติสชุดบีเพียงสองปีก็ถูกเลื่อนชั้นขึ้นทีมชุดใหญ่ด้วยวัยเพียง 19 ปี วันที่ 3 กันยายน 2000 เค้าลงสนามช่วยรีลเบติสเสมอคัมโปสเตล่า 0-0 (ลีกเซกุนก้า บี) ซึ่งนั่นคือการลงสนามเกมแรกอย่างเป็นทางการของฆัวกิน ซานเชส
แล้วเพียงปีเดียวฆัวกินก็พาเบติสเลื่อนชั้นสู่ระดับลาลีก้า แล้วลีลาลากเลื้อยที่โดดเด่นก็นำพาให้ฆัวกินได้มีชื่อไปลุยฟุตบอลโลก 2002 กับทีมชาติสเปน เค้าได้มีโอกาสย้ายไปเล่นให้ทีมใหญ่กว่าอย่างบาเลนเซีย ได้ย้ายไปค้าแข้งต่างแดนกับฟิออเรนติน่า ก่อนจะกลับมาอยู่กับเบติสคำรบสองในปี 2015 แล้วก็อยู่รับใช้ทีมไปจนกระทั่งแขวนสตั๊ดเมื่อจบฤดูกาล 2022/23 โดยระหว่างทางเค้าทำสถิติส่วนตัวไว้อีกเพียบ ไม่ว่าจะเป็นนักเตะเอาท์ฟิลด์ที่ลงเล่นในลีกสูงสุดของสเปนมากสุดที่ 622 นัด(เท่ากับอันโดนี่ ซูบิซาร์เลตาซึ่งเป็นผู้รักษาประตู) รวมถึงนักเตะอายุมากสุดที่ทำสกอร์ได้ในการแข่งขันยูโรป้าลีกส์ เมื่อเค้ายิงประตูใส่ลูโดโกเรตส์ในช่วงอายุ 41 ปี 56 วัน
ตลอดชีวิตค้าแข้ง 23 ปีฆัวกินใช้เวลาอยู่กับเบติสถึง 14 ปี เค้าพาทีมคว้าแชมป์โกปา เด เรย์สองสมัย พร้อมลงสนามรวม 488 นัดยิง 65 ประตูกับ 46 แอสซิตส์ ขึ้นหิ้งเป็นนักเตะระดับตำนานของสโมสรรีล เบติส
