ในช่วงยุค 2000 ทัพแซมบ้านั้นมีตัวรุกฝีเท้าดีมากมายไม่ว่าจะเป็นโรนัลโด้R9,กาก้า,โรนัลดินโญ่,โรบินโญ่และริวัลโด้ นั่นทำให้ผู้เล่นเกมรับอย่างฮวนนั้นไม่ค่อยได้รับการพูดถึงมากนักทั้งที่จริงๆแล้วเค้าก็ถือเป็นอีกหนึ่งฟันเฟืองที่พาบราซิลประสบความสำเร็จได้อย่างมากมาย
ฮวนถูกเรียกติดธงตั้งแต่ปี 2000 แต่ก็ไม่มีชื่ออยู่ในทีมชุดแชมป์ฟุตบอลโลก 2002 และถูกใช้งานเป็นตัวหลักในช่วงปี 2004 โดยจับคู่กับลูซิโอ ซึ่งเค้าประเดิมทัวร์นาเมนต์แรกอย่างจริงจังในโคปา อเมริกาในปี 2004 และพาทีมเข้าป้ายด้วยการเป็นแชมป์สมัยที่ 7 แต่ถึงอย่างนั้นฮวนก็ยังไม่ค่อยได้รับเครดิตมากนักซึ่งเป็นผลมาจากโดนบารมีฝีเท้าของลูซิโอคอยบดบัง ทั้งที่จริงๆแล้วฮวนเองก็มีส่วนสำคัญกับเกมรับของทัพแซมบ้าเช่นกัน
หลังจากได้แชมป์โคปา 2004 ฮวนก็มีชื่อติดทีมชาวบราซิลในฐานะนักเตะขาประจำเค้าผ่านศึกฟุตบอลโลกสองสมัย,โคปาอเมริกาสองสมัยและคอนเฟดเดอเรชั่นคัพอีกสองสมัย และจากทั้งหมดที่กล่าวมาเค้าคว้าแชมป์ร่วมกับทัพเซเลเซาได้มากถึง 4 รายได้อันประกอบด้วยแชมป์โคปา อเมริกา 2004,2007 และแชมป์คอนเฟดเดอเรชั่นคัพ 2005,2009 โดยมีขาดเพียงการเป็นแชมป์โลกเท่านั้น เฟร็ดรับใช้ทีมชาติบราซิลจนถึงปี 2010
โดยวันที่ 28 มิถุนายน 2010 เค้ายิงประตูช่วยให้บราซิลชนะชิลีไป 3-0 ในรอบ 16 ทีมสุดท้าย แม้นั่นจะเป็นการยิงประตูที่ 7 กับเกมทีมชาติ แต่นั่นกลับเป็นประตูแรกที่เฟร็ดยิงได้ในการแข่งขันฟุตบอลโลก น่าเสียดายที่มันกลายเป็นประตูสุดท้ายที่เค้ายิงให้กับทีมชาติด้วยเช่นกัน ในรอบต่อมาบราซิลพลาดท่าพ่ายต่อเนเธอร์แลนด์ 1-2 แล้วเฟร็ดประกาศอำลาทีมชาติทันทีหลังจบทัวร์นาเมนต์ เค้ายุติเส้นทางทีมชาติไว้ที่จำนวนการลงสนาม 80 นัด ถือเป็นกองหลังที่ประสบความสำเร็จในแง่ถ้วยรางวัล(นับจำนวนถ้วยยังเหนือว่าลูซิโอด้วยซ้ำ)แต่กลับไม่ค่อยเป็นที่จดจำเท่าที่ควร
