ช่วงปลายยุค 90 มันถือเป็นช่วงขาขึ้นของบาเลนเซีย เมื่อทัพค้างคาวแข็งแกร่งขึ้นแบบไม่ไว้หน้าสองทีมยักษ์ใหญ่ร่วมลีกอย่างบาร์เซโลน่าและเรอัล มาดริด โดยหนึ่งในหมุดหมายสำคัญก็คือการปราบบาร์ซ่าจนเข้าชิงชนะเลิศ UCL ได้เป็นครั้งแรก
ค่อนข้างน่าแปลกที่ในปี 1997 ยังผลงานแย่จนต้องหนีตายอยู่แท้แต่ในปี 1999 บาเลนเซียก็ผงาดขึ้นสู่ตำแหน่งแชมป์โกปา เด เรย์แต่นั่นก็ยังไม่ว๊าวเท่ากับการเดินแรงในถ้วยแชมเปี้ยนส์ลีกฤดูกาล 1999/2000 เวลานั้นทัพค้างคาวอยู่ภายใต้เงื้อมมือของกุนซือเฮคตอร์ คูเปอร์ ซึ่งเค้าเปิดตัวได้แย่แพ้ 4 เกมรวดในลีกและล่อแหลมต่อการถูกปลด
ทว่าสุดท้ายคูเปอร์ก็ปลุกทีมกลับมาด้วยบุกไปพิชิตเรอัล มาดริดถึงเบอร์นาบิล 3-2 นั่นถือเป็นจุดเปลี่ยนที่ทำให้ทัพค้างคาวกลับมามั่นใจจนเร่งขึ้นมาจบอันดับ 3 ได้สำเร็จ แล้วความมั่นใจระดับนั้นก็ยังทำให้บาเลนเซียเดินแรงในการแข่งขันยูฟ่า แชมเปี้ยนส์ลีกด้วย พวกเค้าผ่านรอบแบ่งกลุ่มได้สองหนทั้งที่ต้องดวลกับทีมแกร่งอย่างบาเยิร์น มิวนิค,แมนเชสเตอร์ ยูไนเต็ดและฟิออเรนติน่า ก่อนจะเข้าไปปราบลาซิโอจนหลุดเข้าไปสู่รอบรองชนะเลิศ
วันที่ 2 พฤษภาคม 2000 บาเลนเซียลงเล่นเลกแรกในรอบรองด้วยการไล่ต้อนบาร์เซโลน่าไป 4-1 ชัยชนะครั้งนั้นสร้างความจดจำให้กับแฟนบอลทั่วโลก เพราะในเวลานั้นบาเลนเซียถือเป็นทีมหน้าใหม่ในเวที UCL แต่กลับเอาชนะยอดทีมอย่างบาร์ซ่าไปอย่างขาดลอย ถึงแม้สุดท้ายพวกเค้าเข้าไปพ่ายเรอัล มาดริดในรอบชิงชนะเลิศแต่นั่นก็เพียงพอแล้วสำหรับการทำให้บาเลนเซียในยุคของเฮคตอร์ คูเปอร์เป็นที่จดจำ อีกทั้งนักเตะค้างคาวชุดนั้นต่อมาก็โด่งดังกันหลายคน อาทิ กาอิซก้า เมนดิเอต้า,เคลาดิโอ โลเปซ,คิลี่ กอนซาเลซ,อาเดรียน อิลี่,อัลเบรด้า,ซานติอาร์โก คายีซาเรซและมิเกล อังกูโร่
