หลังจากผ่านช่วงพีกในอาชีพค้าแข้งกับลิเวอร์พูลและรีลมาดริด ไมเคิล โอเว่นก็เริ่มประสบปัญหาอาการบาดเจ็บรุมเร้าจนรัศมีที่เคยโดดเด่นจางหายไป นั่นทำให้สุดท้ายเจ้าหนูมหัศจรรย์ต้องตัดสินใจแขวนสตั๊ดกับสโมสรเล็กๆอย่างสโต๊คซิตี้
แม้จะได้สัมผัสถ้วยแชมป์กับแมนเชสเตอร์ยูไนเต็ดถึงสามรายการแต่ด้วยสภาพร่างกายที่เปราะบางเสียเหลือเกินก็ทำให้โอเว่นในวัย 33 กะรัตไม่ได้รับการต่อสัญญา แต่นั่นก็กลายเป็นโอกาสที่ทำให้สโต๊คซิตี้ยื่นมือเข้าคว้าตัวไปใช้งานต่อผ่านการเซ็นสัญญาระยะสั้นเป็นเวลาหนึ่งปี
โอเว่นประเดิมสนามกับทีมช่างปั้นหม้อตั้งแต่นัดเปิดฤดูกาลที่เสมอกับแมนซิตี้ 1-1 แต่ทว่าก็มักจะเป็นการลงเล่นในฐานะตัวสำรองเท่านั้น เพราะเค้าไม่เคยฟิตสมบูรณ์จนออกสตาร์ทเป็นตัวจริงได้เลย หนำซ้ำเมื่อมาถึงเดือนพฤศจิกายนโอเว่นก็ยังเจ็บจนต้องหยุดพักลงสนามไปอีกพักใหญ่
“ เบบี้โกล ” ประเดิมยิงประตูแรกกับสโต๊คซิตี้ในเดือนมกราคม 2013 แต่กระนั้นเค้าก็ยังไม่ฟิตเต็มร้อยเสียที ทำให้ในวันที่ 19 มีนาคม 2013 ไมเคิล โอเว่นประกาศแขวนสตั๊ดล่วงหน้า โดยเค้ายืนยันว่าจะเลิกเล่นฟุตบอลทันทีหลังจบฤดูกาล โอเว่นให้เหตุผลว่าอาการบาดเจ็บเรื้อรังที่แฮมสตริงมีส่วนสำคัญที่ทำให้เค้าตัดสินใจยอมแพ้ แม้ว่าที่จริงแล้วเค้ายังมีความปรารถนาที่จะเล่นฟุตบอลต่อไปอีกหลายปีก็ตาม บทสรุปสุดท้ายโอเว่นลงเล่นให้สโต๊คซิตี้ไปทั้งสิ้น 9 นัดยิงได้ 1 ประตู และได้ยุติชีวิตการเป็นนักฟุตบอลไปด้วยวัย 34 ปี
