ถึงจะได้ชื่อว่าเป็นกองหน้าระดับแถวหน้าของสเปนแต่มอริเอนเตสก็ไม่อาจก้าวข้ามร่มเงาของราอูล กอนซาเลซได้ มันจึงทำให้ตัวเลขสถิติการเล่นทีมชาติของมอริเอนเตสดูไม่ค่อยสวย แม้ว่าอันที่จริงเค้าประเดิมติดธงปุ๊ปก็มีชื่อบนสกอร์บอร์ดทันทีก็ตาม
เฟอร์นันโด มอริเอนเตสถือเป็นกองหน้าสเปนที่เริ่มสร้างชื่อในยุค 90 เค้าเริ่มต้นกับอัลบาเซเต้แล้วค่อยๆไต่เต้าขึ้นไปเล่นให้ทีมใหญ่อย่างเรอัล มาดริดในระดับสโมสร เช่นเดียวกับในระดับทีมชาติมอริเอนเตสก็ค่อยติดธงไล่มาตั้งทีมชุด U-18 กระทั่งเลื่อนทีมชาติสเปนชุดใหญ่อย่างเต็มตัวในปี 1998
วันที่ 25 มีนาคม 1998 มอริเอนเตสประเดิมสนามทัพกระทิงชุดใหญ่พร้อมกับการมีสกอร์ทันที มันเป็นเกมอุ่นเครื่องที่สเปนชนะสวีเดน 4-0 แล้วการเริ่มต้นสวยแบบนั้นแต่มันก็ทำให้เค้ามีชื่อติดทีมไปเตะฟุตบอลโลกทันที น่าเสียดายที่ความโดดเด่นของมอริเอนเตสทั้งในระดับทีมชาติและสโมสรล้วนตามหลังราอูล กอนซาเลซ มันจึงทำให้ช่วงพีกที่สุดการเล่นทีมชาติของมอริเอนเตสก็มีแค่การพาสเปนไปถึงรอบควอเตอร์ไฟนลอลฟุตบอลโลก 2002 ด้วยผลงานยิง 3 จ่าย 1 ซึ่งราอูลก็ทำผลงานได้เท่ากัน
จวบจบเลิกเล่นทีมชาติในปี 2007 มอริเอนเตสติดธงไปแค่ 47 นัดยิงได้ 27 ประตู ซึ่งมันเป็นสถิติที่น้อยกว่าราอูลเป็นเท่าตัว เมื่อราอูลที่รีไทน์ทีมชาติก่อนหน้า 1 ปีแต่กลับมีสถิติลงเล่นไปถึง 102 นัดยิง 44 ประตู
