หลังเริ่มงานโค้ชในยุค 90 เฟลิก มากัสก็ค่อยๆสำแดงฝีมือขึ้นทีละน้อย การพาทีมเล็กๆอย่างสตุทการ์ตขึ้นมาเบียดแย่งแชมป์ลีกกับบาเยิร์นมิวนิคหลังปี 2002 ก็ทำให้มากัสถูกเสือใต้ฉกตัวไปทำทีมต่อ แล้วมันก็ไปได้สวยเมื่อเค้าบาเยิร์นมิวนิคครองแชมป์บุนเดสลีก้าได้2สมัยและเดเอฟเบโพคาลอีก 2 สมัย ไม่กี่ปีต่อมามากัสเลือกย้ายไปคุมโวล์ฟสบวร์กซึ่งก็วนลูบเดิมคือพาทีมหมาป่าแห่งเมืองเบียร์คว้าแชมป์บุนเดสลีก้าได้สำเร็จในฤดูกาล 2008/09
นั่นทำให้เฟลิก มากัสมีโปรไฟล์ที่สวยหรูจนสโมสรทั่วยุโรปต่างต้องการตัว อย่างไรก็ตามเค้ากลับไม่เลือกย้ายออกไปนอกเยอรมันในช่วงพีก มากัสกลับเลือกรับงานคุมชาลเก้ 04และวนกลับมาคุมโวล์ฟสบวร์กคำรบสอง
หลังอำลาโวล์ฟสบวร์กในปี 2012 มากัสมีก็ว่างงานอยู่หลายปี กระทั่งวันที่ 14 กุมภาพันธ์ 2014 เค้าจึงตอบตกลงรับงานคุมสโมสรฟูแล่มในพรีเมียร์ลีก ซึ่งถือเป็นครั้งแรกที่เฟลิก มากัสก้าวออกมารับงานคุมทีมยังต่างแดน แม้มันจะแปลกตาไปซักหน่อยก็ตามเนื่องจากฟูแล่มในยามนั้นมีเป้าหมายต้องการลุ้นหนีตกชั้น สุดท้ายมากัสก็ทำภารกิจไม่สำเร็จพาฟูแล่มเก็บแต้มเพิ่งได้เพียง 12 คะแนนจบฤดูกาลด้วยการเป็นรองบ๊วยและตกชั้นไปในที่สุด
เฟลิก มากัสยังคงได้รับโอกาสทำทีมต่อไปแม้ฟูแล่มจะต้องถอยไปเริ่มต้นใหม่ในระดับลีกแชมเปี้ยนชิพ ทว่าผลงานกลับย่ำแย่ยิ่งกว่าเมื่อเค้าพาทีมแพ้ถึง 6 นัดจาก 7 เกมแรก สุดท้ายกุนซือชาวเยอรมันจึงสิ้นลายด้วยการถูกสั่งปลด ไม่กี่ปีให้หลังมากัสถูกติดต่อให้รับงานคุมทีมซานตงลู่หนิงในไชนีสซุปเปอร์ลีกฤดูกาล 2016 แต่ก็ถูกไล่ออกในปีเดียวหลังพาทีมรอดตกชั้นหวุดหวิดด้วยการจบอันดับ 14 หลังจากนั้นเค้าก็หันไปรับงานผู้อำนวยการกีฬาแทนและไม่เคยกลับมารับงานคุมทีมอีก
