เมื่อก้าวเข้าสู่ยุค 2000 แมนเชสเตอร์ยูไนเต็ดนั้นรู้สึกถึงการขึ้นมาทาบรัศมีของอาร์เซนอล นั่นทำให้เซอร์อเล็ก เฟอร์กูสันหาทางกระตุ้นทีมให้อยู่ในมาตรฐานระดับสูงอยู่เสมอ หนึ่งในนั้นคือการดึงฮวน เซบาสเตียน เวรอนเข้ามาเสริมความแกร่งในแดนกลางในปี 2001 ซึ่งมันสร้างความฮือฮาให้กับสาวกผีแดงเป็นอย่างมาก
หลังคว้าแชมป์พรีเมียร์ลีกในฤดูกาล 2000/01 แมนเชสเตอร์ยูไนเต็ด ทุ่มเงิน 28.1 ล้านปอนด์คว้า ฮวน เซบาสเตียน เวรอน มาจากลาซิโออย่างเป็นทางการในวันที่ 12 กรกฎาคม 2001 ซึ่งต้องบอกในเวลาเวรอนคือมิดฟิลด์จอมเนื้อหอมเบอร์ต้นๆของยุโรป แล้วความมุ่งหมายของเฟอร์กี้ก็คือต้องการให้ดาวเตะฟ้าขาวเข้ามากระตุ้นเดวิด เบ็คแฮมที่เริ่มหมกหมุ่นเรื่องนอกสนามมากเกินไป
แล้วเวรอนก็ครองตำแหน่งตัวหลังในกลางโดยทันที ซึ่งแนวโน้มเป็นไปด้วยดีเมื่อเค้าทำประตูในเกมเปิดบ้านอัดเอฟเวอร์ตัน 4-1 ซึ่งถือเป็นนัดที่ 4 ที่ลงสนามในลีกเท่านั้น แล้วเวรอนก็ยิ่งประตูต่อเนื่องได้ติดต่อกัน ทำให้หลังลงสนามในลีกครบ 10 นัดเวรอนยิงได้ถึง 4 ประตู แต่ทว่าหลังจากเวรอนกลับฟอร์มหดไปดื้อๆ ถึงแม้จะยังได้รับความไว้วางใจให้ลงเล่นต่อเนื่องก็ตาม ทำให้ขวบปีแรกของเวรอนจบลงที่การลงเล่น 40 นัดรวมทุกถ้วยยิงได้ 5 ประตูพร้อมทำทางอีก 3 แอสซิสต์แถมยังทำแมนยูฯถูกอาร์เซนอลแย่งแชมป์ไปครองอีกต่างหาก
ฤดูกาล 2002/03 เวรอนพยายามแก้ตัวอีกครั้ง และถึงแม้จะทำได้ดีขึ้นด้วยการยิงได้ 6 ประตูกับอีก 8 แอสซิสต์ และคว้าแชมป์พรีเมียร์ลีกเป็นสมัยแรกให้กับตัวเอง แต่เมื่อเชลซีเสนอเงิน 15 ล้านปอนด์ขอเซ้งตัวเวรอน แมนยูฯก็รีบตกลงทันที แล้วหลังจากนั้นเวรอนก็ไม่เคยลืมตาอ้าปากในเวทียุโรปได้อีกเลยก่อนที่จะต้องย้ายกลับไปเล่นให้เอสตูเดียนเอนเตสทีมในอาร์เจนติน่าในปี 2006 แล้วออร่ารัศมีที่เคยเป็นที่โดดเด่นในฐานะยอดมิดฟิลด์ของเวรอนที่ถูกลืมเลือนไปพร้อมกันด้วย